Price chiêu mộ quân lính lập nên Trung đoàn 2 thuộc quân kỵ binh Missouri và giữ chức đại tá ngày 12 tháng 8 năm 1846[4] và kéo đến Santa fe, thay tướng Stephen W. Kearny giữ chức chỉ huy khu vực New Mexico. Khi lên làm thống đốc khu này, Price đánh dẹp được cuộc nổi dậy của dân Mexico và dân bản địa tại Taos, New Mexico. Ngày 20 tháng 7 năm 1847, Price được tổng thống Hoa Kỳ James K. Polk tăng chức thiếu tướng, lãnh vai chỉ huy Binh đoàn miền Tây.[4] Ngày 16 tháng 3 năm 1846 Price nghe tình báo sai, tưởng rằng quân Mexico kéo đến tấn công New Mexico, đem quân ra đánh trong trận Santa Cruz de Rosales. Trận đánh này là trận sau cùng của cuộc chiến, xảy ra sau hiệp ước Guadalupe Hidalgo (ngày 10 tháng 3.

Sau cuộc chiến ông giải ngũ ngày 25 tháng 11 1848 trở về Missouri.[4] Ông mua một nông trại và canh tác tại Bowling Green.